Die evangelische Kirchengemeinde Münnerstadt ist eine relativ junge Gemeinde. Zwar waren zu Zeiten der Reformation nahezu alle Einwohner Münnerstadts evangelisch, doch im Zuge der Gegenreformation um 1587 wurden ca. 80 evangelische Familien unter Fürstbischof Julius Echter aus der Stadt vertrieben, der Rest wurde rekatholisiert.
Bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts gab es keine evangelischen Mitbürger in Münnerstadt. Erst 1852 wurde wieder EIN evangelisches Gemeindemitglied registriert. Es dauerte noch bis 1896, bis wieder ein evangelischer Gottesdienst in Münnerstadt abgehalten wurde, und zwar in einem Saal der Volksschule.
1919 gründeten evangelische Christen vor Ort einen Verein, der es sich zum Ziel setzte, ein Grundstück für den Bau einer eigenen kleinen Kirche zu erwerben. Schon ein Jahr später wurde dieses Ziel erreicht, indem man den Weigand-Keller der ehemaligen Brauerei Adler kaufte und begann, den darüberliegenden ehemaligen Tanzsaal zum Betsaal umzufunktionieren.
Am Ostermontag des Jahres 1921 wurde dieser Betsaal feierlich eingeweiht. Am 15. Juli wurden Teile aus den Kirchengemeinden Bad Neustadt an der Saale einerseits und Poppenlauer andererseits ausgegliedert und zu einer "Tochterkirchengemeinde Münnerstadt" (als Körperschaft des öffentlichen Rechts) zusammengefasst. Die Gemeinde wuchs auf ca. 680 Mitglieder an.
Im Jahr 1955 wurde an der Stelle des Betsaals eine neu erbaute Kirche eingeweiht, und am 17. August 1960 wurde schließlich die eigenständige Pfarrei Münnerstadt gegründet.
Inzwischen ist die Zahl der Gemeindeglieder auf ca. 1.300 angewachsen, und die Gemeinde besteht aus insgesamt 14 Gemeindeteilen: Althausen, Burglauer, Brünn, Fridritt, Großwenkheim, Kleinwenkheim, Maria Bildhausen, Münnerstadt (Kernstadt), Reichenbach, Rheinfeldshof, Seubrigshausen, Strahlungen, Wermerichshausen, Windheim.